La tradizione narra che agli inizi del X secolo (anno 929) l’edificio sacro viene fatto erigere dal principe “longobardo” Rodoaldo come atto di espiazione per l’omicidio compiuto ai danni di Leone, patriarca di Aquileia. Secondo questa leggenda, la chiesa diventa pieve e punto di riferimento per gli abitanti sparsi nella pianura e alle falde del colle.

Non molte le notizie storiche: un messale aquileiese della seconda metà del XV secolo, conservato della Biblioteca Guarneriana, menziona la celebrazione della “quattrocentesima consacrazione della chiesa di San Daniele” (avvenuta quindi nell’XI secolo); nel 1268 si cita una donazione dei fratelli nobili Luigino e Cozanello per incrementarne l’illuminazione; nell’anno 1400 il fonte battesimale è fatto trasportare dalla chiesa del castello a quella di San Michele; nel 1438 è ampliata ad opera del magistro Bertone fu Odorico di Pretto di San Daniele.

Girolamo di Porcia nel 1567 annota: “...ha questo luogo il Castello rovinato, dove non vi è se non la chiesa, e certe casette di quelli del Castello, che hanno voce in Parlamento”.

Un nuovo intervento strutturale ha luogo fra il 1666 e il 1668 ad opera di Valentino Cassino, con la creazione di tre cappelle dedicate rispettivamente a san Daniele, al Santo Crocifisso e a san Filippo Neri.

Con i lavori avviati nel 1747, ad opera del conte Alberto Bertoli, l’edificio è consacrato nel 1750 ma assume l'attuale aspetto entro il 1755. Gran parte delle sue più antiche strutture è demolita e l'asse dell'edificio è ruotato da est-ovest a nord-sud.

La struttura è danneggiata durante un bombardamento nell’ottobre 1917 e restaurata nel 1929.