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L’elemento caratterizzante di questa Riserva è la presenza di due grandi depressioni carsiche (polje) ospitanti due laghi separati da rilievi calcarei: il lago di Doberdò e il lago di Pietrarossa.
Poiché il Carso è impostato su calcare, roccia carbonatica molto permeabile, tutto il territorio manca di un’idrografia superficiale essendo l’acqua confinata nel sottosuolo. Conseguentemente la presenza dei laghi contrasta la circostante aridità e permette lo sviluppo di ecosistemi tipici delle zone umide normalmente assenti su tutto il Carso, che conferiscono all’area protetta un elevato grado di biodiversità.
Percorrendo i sentieri di quest’area protetta si ha quindi
la possibilità di osservare il passaggio da habitat di ambienti aridi, come i
prati di landa o i campi solcati, a quelli di zone umide che circondano i
laghi. Sul colle M. Castellazzo, che si eleva sopra il lago di Doberdò, si
trova il Centro visite Gradina nel cui Museo il visitatore ha modo di
ripercorrere, anche attraverso strumenti interattivi, gli aspetti storici e
naturalistici della Riserva e del Carso.
Il Lago di Doberdò è di un raro esempio di lago carsico privo di fiumi superficiali che fungano da immissari e da emissari.